R/graph_modalites_ipr.R
graph_modalites_ipr.RdCette fonction génère un graphique présentant, pour les espèces contributives de l’Indice Poissons Rivière (IPR), les cinq grandes guildes écologiques :
réophile — espèces recherchant les eaux courantes,
lithophile — espèces pondant sur substrat minéral,
invertivore — espèces s’alimentant principalement d’invertébrés,
omnivore — espèces consommant un régime alimentaire diversifié,
tolérant — espèces tolérant des perturbations ou des conditions dégradées.
graph_modalites_ipr(text_size = 4, width = 10, height = 6)Taille de la police pour les noms vernaculaires et les titres
(défaut : 4).
Largeur du graphique (en pouces), mémorisée dans l’attribut
"width" de l’objet ggplot (défaut : 10).
Hauteur du graphique (en pouces), mémorisée dans l’attribut
"height" de l’objet ggplot (défaut : 6).
Un objet ggplot représentant les guildes écologiques et la
liste des espèces associées.
L’objet ggplot possède en attributs "width" et "height" les
valeurs transmises, pour faciliter l’export (via ggsave).
Les listes d’espèces de chaque guilde sont codées en dur dans la fonction,
conformément aux espèces contributives définies dans les documents de
paramétrage de l’IPR (adéquation avec les regroupements du script IPR
1.0.5). Les codes taxons ASPE sont automatiquement convertis en noms
vernaculaires via la fonction nom_vernaculaire_aspe().
Le graphique final comporte une ligne par guilde, avec les noms vernaculaires alignés à gauche et la modalité affichée en gras.
Les cinq vecteurs de taxons codés en dur correspondent strictement aux espèces contributives de l’IPR. Ils constituent les groupes : réophiles, lithophiles, invertivores, omnivores et tolérants. Les codes taxons sont ensuite convertis en noms vernaculaires dans le graphique final.
Le graphique est construit en texte libre (sans axes ni grille), pour produire une représentation claire, lisible et adaptée aux rapports techniques ou aux présentations. L’alignement à gauche assure une lecture ordonnée des listes d’espèces, triées alphabétiquement au sein de chaque modalité.
p <- graph_modalites_ipr(text_size = 4)
#> Error in library(dplyr): there is no package called ‘dplyr’
print(p)
#> Error: object 'p' not found
# Export recommandé :
# ggsave("guildes_ecologiques_IPR.png", p,
# width = attr(p, "width"), height = attr(p, "height"), dpi = 300)