R/regroupe_taxons_ipr.R
regroupe_taxons_ipr.RdCette fonction applique les clés de correspondance définies dans le script officiel de calcul de l’Indice Poissons Rivière (IPR) version 1.0.5 afin de regrouper les taxons ASPE en néotaxons.
regroupe_taxons_ipr(codes)Un vecteur de même longueur que codes, dans lequel chaque taxon
est remplacé par son code néotaxon regroupé lorsqu'une correspondance existe,
ou laissé inchangé sinon.
Chaque taxon en entrée est recherché dans une table de conversion codée en dur au sein de la fonction. Si une correspondance existe, le taxon est remplacé par son code néotaxon regroupé. Si aucune correspondance n'est trouvée, la fonction renvoie le taxon d'origine sans modification.
L'objectif est de garantir l’homogénéité des regroupements de taxons dans les traitements IPR, conformément aux spécifications de la version 1.0.5, où plusieurs taxons élémentaires (ex. BRB, BRE) sont associés à un même néotaxon (ex. BRX).
La table interne de correspondance reproduit fidèlement les regroupements utilisés dans l'IPR 1.0.5 pour les besoins du calcul des métriques. Elle inclut notamment :
les regroupements des brèmes (BRB, BRE → BRX),
les chabots et chevesnes (CHA, CHF, CHP, etc. → CHX),
les vairons (VAI, VAC, VAB, etc. → PHX),
les loches (LOF, LOL, LOQ, etc. → LOX),
et tous les regroupements additionnels strictement définis dans la version 1.0.5.
Aucune modification n’est apportée aux codes taxons absents de la table de regroupement, conformément au comportement attendu du script IPR.
regroupe_taxons_ipr(c("BRB", "CAA", "ANG", "VAR", "XXX"))
#> BRB CAA <NA> VAR <NA>
#> "BRX" "CAX" "ANG" "VAX" "XXX"
# Résultat :
# [1] "BRX" "CAX" "ANG" "VAX" "XXX"